NAMD는 나노스케일 원자 분자 동역학(Nanoscale Atomistic Molecular Dynamics)의 약자로, 나노스케일에서 원자 수준의 분자 동역학을 시뮬레이션하는 프로그램입니다.

NAMD 벤치마크 데이터셋은 고성능 컴퓨팅(HPC) 환경을 위해 특별히 설계된 성능 벤치마크 입력 및 프로파일 세트입니다. 다양한 하드웨어 플랫폼, 병렬 모드(MPI, GPU, Charm++) 및 컴파일 최적화 설정에서 분자 동역학 시뮬레이션 소프트웨어 NAMD의 성능을 평가하는 데 사용됩니다.

과학적 실험 데이터나 시뮬레이션 결과와 달리, 이 데이터 세트에는 과학적 분석을 위한 시뮬레이션 출력이 아닌, 시스템의 계산 성능(속도, 확장성, 효율성)을 측정하는 데 사용되는 표준화된 벤치마크 입력/구성 패키지가 포함되어 있습니다.
이 벤치마크는 NAMD 공식 팀(이론 및 계산 생물물리학 그룹과 일리노이 대학교 어바나-샴페인 캠퍼스의 병렬 프로그래밍 연구실)에서 관리하고 있습니다.

관련 논문 결과는 다음과 같습니다.NAMD를 통한 확장 가능한 분자 동역학"..."이라는 제목의 이 데이터 세트는 2005년에 Phillips et al.에 의해 공개되었습니다. 이 데이터 세트의 버전은 "..."입니다.NAMD 3.0 베타 6 GPU 상주 벤치마킹 결과".

데이터 세트 구조

이 데이터 세트에는 일반적으로 다음이 포함됩니다.

• .namd는 주요 입력 파일입니다(시뮬레이션 매개변수를 제어합니다).
• .psf 및 .pdb 구조 파일(시스템 토폴로지 및 좌표)
• .prm / .top 힘장 매개변수 파일(CHARMM 형식)
• 스크립트와 README를 실행하세요

데이터 세트 내용

이 데이터 세트에는 다양한 규모와 병렬 모드에서 성능 테스트를 위한 몇 가지 대표적인 분자 시스템이 포함되어 있습니다.

• 아포아1
• 시스템: APOA1 단백질 + 용매 시스템
• 원자 수 : 약 92,000개
• 특징: 중간 규모의 벤치마크 시스템으로, 종종 CPU와 GPU의 혼합 모드 테스트에 사용됩니다.
• STMV
• 시스템: 위성 담배 모자이크 바이러스
• 원자 수: 약 1,066,628개
• 특징: NAMD에서 가장 일반적으로 사용되는 성능 표준 시스템으로, 대규모 병렬 성능 테스트에 사용됩니다.
• STMV_21M / STMV_224M
• 시스템: STMV의 확장된 사본
• 원자 수 : 약 2100만개 / 2억 2400만개
• 특징: 대규모 병렬 컴퓨팅의 확장성을 테스트하는 데 사용됩니다.
• F1-ATPase
• 시스템: F1-ATPase 효소 동역학 시뮬레이션 시스템
• 특징: 에너지 계산과 제약 알고리즘의 효율성을 평가하는 데 사용되는 복잡한 단백질 시스템입니다.

지침

• 이러한 벤치마크 파일은 성능 테스트 및 검증에 사용되며 과학적 분석 결과는 포함되어 있지 않습니다.
• 단일 노드(CPU/GPU) 또는 다중 노드(MPI) 환경에서 실행하여 다양한 하드웨어나 버전의 효율성을 비교할 수 있습니다.
• 사용자는 입력 매개변수를 수정하여 다양한 타이밍 길이, 차단 반경 또는 PME 설정이 성능에 미치는 영향을 테스트할 수 있습니다.
• 공식 페이지에 제공된 로그 결과는 시스템 구성의 정확성을 검증하는 벤치마크로 사용할 수 있습니다.