TandemMod 전이 학습 모델 연구에 사용된 데이터 세트
이 데이터 세트에는 다음이 포함됩니다.전이 학습을 통해 나노포어 직접 RNA 시퀀싱을 사용하여 다양한 유형의 RNA 수정을 식별할 수 있습니다.연구에 사용된 관련 데이터 세트는 각 파일에 해당 코드가 있으며, 구체적인 내용은 다음과 같습니다.
이 연구에서 사용된 공개된 DRS 데이터 세트는 미국 국립 생명공학 정보 센터(NCBI)의 Novoa 연구실에서 수행한 작업에서 나온 것입니다. GSE124309 , PRJNA563591 , Intawat Nookaew의 작품, no. SRP166020 (아직 이 데이터세트에서 사용할 수 없음).
이 연구에 사용된 여러 인간 세포주에 대한 DRS 데이터는 싱가포르 나노포어 발현 프로젝트에서 공개적으로 사용 가능하며 접근 번호로 유럽 뉴클레오티드 아카이브(ENA)에서 사용 가능합니다. PRJEB44348 (아직 이 데이터세트에서 사용할 수 없음). 쌀 6 A-seq 데이터는 Gene Expression Omnibus(GEO) 데이터베이스에서 가져온 것입니다. GSE135549 . 인간 HEK293T 세포주의 m6ACE-Seq 및 miCLIP 데이터는 접근 번호로 GEO 데이터베이스에서 사용 가능합니다. GSE124509 그리고 GSE63753 . 인간 K562 세포주의 MeRIP-seq는 접근 번호로 GEO 데이터베이스에서 사용 가능합니다. GSE205709 . ONT에서 직접 RNA 시퀀싱을 통해 생성된 2개의 벼 데이터 세트, 합성 시퀀스에서 얻은 2개의 IVT 데이터 세트, 4개의 시험관 내 명백한 전사체(IVET) 데이터 세트가 GEO 데이터베이스에 접근 번호로 저장되었습니다. GSE227087 .